Libros

• Historia del Istmo de Tehuantepec. Dinámica del cambio socio-cultural. Siglo XIX, México, Colección Especial Eméritos - INAH, 2022.
• Cultura política y formas de representación indígena. Siglo XIX, México, INAH, 2015.
• Pueblos indígenas en Latinoamérica, incorporación, conflicto, ciudadanía y representación siglo XIX, México, Instituto Nacional de Antropología e Historia, 2015. 
• Fin de siglos ¿Fin de ciclos?: 1810, 1910, 2010, México, Siglo XXI-INAH-CIESAS-CIDEM, 2013. 
• Historia del Istmo de Tehuantepec. Dinámica del cambio socio-cultural. Siglo XIX, México, INAH, 2013.
• Indio, campesino y nación en el siglo XX mexicano. Historia e historiografía de los movimientos rurales, México, Siglo Veintiuno Editores, 2011.
• Los movimientos indígenas y campesinos en México en el siglo XIX y XX, México, Nostra Ediciones, 2010.
• Cycles of conflict, centuries of change, crisis, reform and revolución in México, United States of America, 2007. 
• Identidades en juego, identidades en guerra, México, CIESAS-CONACULTA-INAH, 2005.
• Caminos de Luz y Sombra. Historia de los pueblos indios de Oaxaca. Siglo XIX, Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS) – Instituto Nacional Indigenista (INI), México, 2004.
• Identites, nation, globalisation, Francia, Ateliers, 2003.
• Una mirada al fondo de la historia, reflexiones sobre la historia en la actualidad, México, Yeuetlatolli, 2003.
• Crisis, reforma y revolución, México: historias de fin de siglo, México, Taurus-CONACULTA-INAH, 2002. 
• Los retos de la etnicidad en los Estados Nación del siglo XXI, México, Miguel Ángel Porrúa-Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología e Historia, 2000. 
• Rebeliones campesinas en México (1819‑1906), México, Siglo Veintiuno Editores, 5ª ed. corregida y aumentada 1998.
• La reindianización de América, siglo XIX, Siglo XXI Editores-CIESAS, 1997.
• Historia social de México II, México, Escuela Nacional de Antropología e Historia, 1997.
• Rebeliones campesinas, teoría y metodología, México, Escuela Nacional de Antropología e Historia, 1997. 
• Oaxaca en el camino, México, Pinacoteca 2000, 1996.
• Economía contra sociedad. El Istmo de Tehuantepec 1907-1986, México, Nueva Imagen, 1994.
• La oposición al Porfiriato, México, IISUABJO, 1991.
• Historia de la cuestión agraria mexicana, Estado de Oaxaca, México, Juan Pablos Editor-Gobierno del Estado de Oaxaca-Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca-Centro de Estudios Históricos del Agrarismo en México, 1988.
• Las luchas populares en México en el siglo XIX, México, Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social, 1983.
• Rebeliones campesinas en México (1819‑1906), México, Siglo Veintiuno Editores, 1º ed 1980.